למערכת הזוגית אתגרים רבים אך התא המשפחתי מייצר בדרך כלל את האתגרים העוצמתיים והמורכבים ביותר. בין אם המערכת הזוגית חווה אתגרים ממשפחות המוצא של בני הזוג, או בין אם היא חווה אתגרים הקשורים בהורות שלהם ובמערכות היחסים עם ילדיהם, מערכת היחסים הזוגית מושפעת מהם באופן ניכר.

שרשרת היחסים הורים > ילדים – הורים >  ילדים, מקיימת בתוכה אינסוף משתנים הקשורים בתרבות, בהרגלים, באמונות, בתפיסות, באילוצים פיזיולוגיים, באלמנטים נפשיים, בגיל, בניסיון ועוד. כל אחד מבני הזוג מקיים בשרשרת משלו שתי מערכות יחסים במקביל, כילד וכהורה, או אז, אנו עדים לקושי והאתגרים שבני הזוג יוצקים, במודע או שלא במודע, לתא המשפחתי שלהם, ועל בסיס השונות הזאת יכולות באופן טבעי להתעורר מחלוקות.  

מטרת תהליך האימון המשפחתי הינה לצייד את המשפחה בכלים המסייעים להם להתמודד עם קשיים מגוונים הקשורים במערכות היחסים בתוך המשפחה ומתוך כך, להעצים את תפקוד בני המשפחה ולשפר את איכות החיים שלה.

במסגרת האימון המשפחתי נערכת היכרות עם המערך המשפחתי, עם תפיסות ההורות, הסמכויות, דרכי החינוך, ניהול השגרה היומית, המשברים, הנושאים ומערכות היחסים המצויים במחלוקת. לאחר מכן, ניסוח מטרות וציוני דרך, עבודה משותפת בקליניקה ובבית המשפחה ולבסוף, מתן כלים לשימור מטרות שהושגו, על מנת להבטיח את היכולת של המשפחה לתפקד באופן מיטיב באתגרים עתידיים.